Nell'ultimo dei suoi scritti, il trattato su Lo Spirito Santo, Basilio difende la consustanzialità della natura divina della terza Persona, che insieme col Padre e col Figlio è menzionata nella formula battesimale. Quasi in un testamento spirituale, Basilio fa la sua confessione nel dogma della Trinità.
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Il trattato presenta gli sviluppi dottrinali più avanzati che aprivano la strada alla definizione del Concilio di Costantinopoli.