L'esistenza della chiesetta dei SS. Filippo e Giacomo a Mussoi è documentata dal sec. 14.. La prima descrizione della chiesa risale agli Acta Visitalia del vescovo Luigi Lollino (1624), dove si fa riferimento al tetto, agli stemmi dei rettori, alla pala di Iseppo da Cividal (oggi al Museo Civico). Altra descrizione accurata risale al 1732 e va attribuita al cancelliere Carlo Regozza.
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L'edificio fu poi arricchito dal papa Gregorio 16., che qui seppellAu i suoi genitori.